“十一五”期间孵化器发展的指导思想是：以科学发展观为指导，以培育科技型中小企业和创新型企业为目标，以制度创新、组织创新为突破，坚持“支持创新、鼓励创业、优化环境、拓展功能”的总要求，进一步从整体规模上推动我国孵化器的发展，突出特色化与专业化，强化技术与资金服务能力，推进“创业导师＋专业孵化”的孵育模式，打造以提高企业技术创新能力为核心的孵化服务能力，提高孵化质量与水平，推动建立投资主体多元化、运行机制多样化、组织体系网络化、创业服务专业化、服务平台标准化、服务内容国际化，形成孵化器可持续发展机制，打造国际一流的孵化器群体，促进我国高新技术企业的健康发展，为建设创新型国家作出新贡献。

　　“十一五”期间，孵化器的建设和发展要坚持以下六个原则。一是坚持政府主导原则，同时充分发挥市场配置社会资源的基础性作用，把孵化器建设作为区域创新体系建设的重点；二是坚持分类指导原则，鼓励多元投资、多种形式和体制运营以及多区域层次发展；三是坚持质、量并重原则，在数量不断增加的同时，努力提高孵化能力和服务水平、拓展服务领域、实现服务质量的跨越；四是坚持自主创新原则，要紧密与大学和科研院所合作，促进产学研结合，培养自主知识产权的科技企业和科技企业家；五是坚持广泛发动原则，进一步拓展孵化器的社会基础，根据创业者和市场的需求，扩大创业服务的受益群体范围；六是坚持行业推进原则，充分发挥行业组织的作用，规范服务，搭建共享平台，培养核心竞争力。

　　“十一五”期间是全面提升我国孵化器孵化功能和形成大规模行业发展的关键时期。总体目标是：通过扩大总体规模，增加孵化器数量，以扩大创业服务的受益群体范围；通过拓展和强化服务，把服务延伸到从企业初创到毕业全过程，以提高创业服务的质量；通过建设专业技术孵化器，以及国际企业孵化器、留学人员创业园、海外科技园、大学生创业基地等，突出对特色产业集群和创新集群的基础性孵育作用，并建成一批具有国际水平、在国际上具有较高知名度的孵化器，把我国的创业服务事业提高到新水平。具体目标是：到２０１０年，全国各类孵化器数量要达到１０００家，其中国家级３００家，孵化场地总面积２５００万平方米以上，绝大多数孵化器具备完善的技术基础设施和信息网络平台，孵化资金总额３０亿元以上，形成职业化孵化服务队伍；当年在孵企业５万家以上，毕业企业累计１．５万家以上，创造就业机会达到１００万个，每年培养出８００家以上绩效优异的快速成长型科技企业，并聚集一批高水平的创业企业家，转化一批高水平自主创新成果，孵化一批具有高成长潜力的高新技术企业，形成比较完善的科技创新孵育体系，迈入世界企业孵化器强国行列。

　　“十一五”期间主要任务与工作重点有：加强领导，确立孵化器建设与发展在科技与经济工作中的地位；增加投入，总体规划，合理布局，进一步扩大孵化器的整体规模；拓展功能，强化孵化器的孵化、抚育能力；突出重点，强化孵化器的“天使投资人”角色；因地制宜，充分发挥孵化器在区域和产业发展中的先导作用；促进合作，重点加快孵化器产学研合作体系的建设；完善组织，促进孵化器的多元化、专业化、网络化、标准化和国际化。

　　保证措施包括：加快孵化器的法制化建设步伐，制订相关政策；支持孵化器孵化、抚育能力的提高；支持建立孵化器行业组织和操作规范，健全考核体系；鼓励各种形式的孵化器发展，推进体制、机制创新；重视孵化器管理人才培养，提高服务水平；拓宽社会基础，创造更加宽松的创新创业环境。